Junto a la secularización de la política hubo una secularización del pensamiento. La revolución científica del siglo XVII sentó las bases de una visión del mundo que no dependía de las asunciones y categorías cristianas. Al liberarse de la teología, los filósofos descubrieron nuevos aliados en la ciencia y las matemáticas. Para pensadores como Francis Bacon y el filósofo francés René Descartes, el destino del alma era menos importante que el funcionamiento del mundo natural, y aunque Bacon era empirista y Descartes un racionalista, ambos creían que el poder de la razón humana, utilizado correctamente, se imponía a la autoridad.
Entre los distintos creadores del pensamiento moderno, ninguno fue más importante ni más celebrado que el físico inglés Isaac Newton, que descubrió una explicación mecánica que abarcaba todo el universo sobre la base de la ley de la gravedad universal. El respeto que Newton inspiró a los filósofos del siglo XVIII difícilmente puede ser exagerado. Determinados a popularizar una imagen del mundo científica y a adaptar sus métodos a la tarea de la crítica social y política, las principales figuras de la Ilustración pusieron los problemas del mundo directamente en el centro de su actividad intelectual. En el compendio más famoso del pensamiento ilustrado, la Enciclopedia (1751-1772), Denis Diderot (el editor), Jean d'Alembert, Voltaire y otros autores cuestionaron la concepción religiosa del mundo y abogaron por el humanismo científico basado en la ley natural.
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